Krizalid, el organizador del torneo este año va a la vanguardia en la tecnología para el estudio de la clonación de seres humanos. Al final del torneo King of Fighters '97, capturo a Kyo Kusanagi y lo utilizo para crear el prototipo llamado "K". Aunque Kyo escapo, no pudo evitar que lo clonaran, y este prototipo sirvió para crear a los primeros clones Kyo 1 y Kyo 2 con el fin de conquistar al mundo

Krizalid tiene alguna cercanía con el misterio del poder de Orochi o con una organización secreta que controla esta operación. Los peleadores recibieron su invitación al torneo, pero esta vez sin ninguna publicidad mundial. Esto despertó sospechas, y decidieron participar para investigar mas al respecto. La batalla final es parte del plan de esta organización, y servirá para adquirir la información necesaria para perfeccionar a los clones que ya han empezado a esparcirse por el mundo. Por lo que al final Krizalid demuestra cuales son sus verdaderas intenciones.

En esta ocasión regresa Kasumi que quedo atrás, sin embargo otros desaparecen nuevamente (Vice, Mature, Chizuru, Saisyu, Yamazaki, Billy, Lucky, Brian Heavy d!, Yashiro, Shermie y Chris) y aparecen algunos nuevos (Bao, Jhun, K, Máxima, Xiangfei y Whip), para un total de 38 personajes.